Проблема: При поступлении товаров и услуг без НДС и последующего проведения полученной счет-фактуры, данная покупка не попадает в книгу покупок, хотя в счет-фактуре стоит галочка "Отразить вычет НДС в книге покупок".

 

Решение: В документе "Поступление товаров и услуг" по кнопке "Цены", скорее всего, включен флаг "НДС включать в стоимость". Уберите его и вычет НДС попадет в книгу покупок.